是可以补办的。摩托车合格证丢了,可以去当时买车的车行，提供购车时的发票复印件、合格证复印件和购车人身份证明复印件，还需要提供车架号、发动机号、车型等信息，由他们联系生产厂家，补办合格证，但自己要承担补办费用。如果是已停产或是撤销公告目录的车型，合格证就不能补了。

购车时记得索要各种凭证：1.购车发票：购车发票是购车时最重要的证明，同时也是汽车上户时的凭证之一，所以在购车时您务必向经销商索要购车发票，并要确认其有效性。2.车辆合格证。3. 三包服务卡：根据有关规定，汽车在一定时间和行驶里程内，若因制造质量问题导致的故障或损坏，凭三包服务卡可以享受厂家的无偿服务。不过像灯泡、橡胶等汽车易损件不包括在内。4.车辆使用说明书：用户必须按照车辆使用说明书的要求合理使用车辆。若不按使用说明书的要求使用而造成的车辆损害，厂家不负责三包。使用说明书同时注明了车辆的主要技术参数和维护调校所必须的技术数据，是修车时的参照文本。