驾驶证注销档案会保留两年。根据《机动车驾驶证业务工作规范》：第七十四条规定：注销、吊销机动车驾驶证的，机动车驾驶证档案资料保留二年后销毁，但造成交通事故后逃逸被吊销机动车驾驶证的，档案资料长期保留；撤销机动车驾驶许可的，档案资料保留三年后销毁。

销毁机动车驾驶证档案时，车辆管理所应当对需要销毁的档案登记造册，并书面报告所属直辖市、设区的市或者相当于同级公安机关交通管理部门，经批准后方可销毁。销毁机动车驾驶证档案应当在指定的地点，监销人和销毁人应当共同在销毁记录上签字。记载销毁档案情况的登记簿和销毁记录存档备查。