机动车登记证书丢了可以向公安机关交通管理部门申请补发。机动车所有人需要将车开到车管所，且机动车所有人为自然人办理补领《机动车登记证书》的，本人必须到场申请，是不能委托他人代理的。提交申请后，公安机关交通管理部门经与机动车登记档案核实后，会在收到申请之日起15日内补发。
登记证补办流程：第一步，车主携带所需资料，开车到车辆注册地车管所办理；第二步，车辆通过专门的查验通道，直接到查验点，开始查验车辆；第三步，车管所工作人员对车辆进行查验，查验完成后，车主到查验服务处确认信息；第四步，车主到业务大厅导办服务台装订手续，排队等待办理；第五步，装订手续后，在等候区等待叫号办理业务，然后到对应窗口进行办理；第六步，携带受理凭证到收费窗口交费；第七步，车主到取证窗口打印机动车登记证书，补办完成。
