如果变速箱只是轻微进清水，首先是不能继续行驶车辆或是启动发动机，一般水是沉在变速箱中齿油的底部，所以需要打开变速箱底部把水和油清理掉，然后加上新的变速箱油，最好是把胶圈、油封和摩擦片等部件也进行更换，以延长使用寿命。如果是严重进水影响到使用,只能到维修厂进维修了。
变速箱进水主要是从通气孔进入。因为变速箱并不是完全封闭的，水本身就有可能从通气孔直接进入。而且在变速箱运行时如果遇水受冷，且水位较高，还有可能借通气孔把水吸进去。一般来说，变速箱进水主要由以下两种情况引起：1.水没过车轮2/3以上，那么变速箱进水的概率在80%到90%左右，如果水已经没过仪表台的位置，那么变速箱100%已经进水。2.会车时水浪进入变速箱，如果路面积水过多，那么激起的浪花打在车身上，也有可能导致变速箱进水。当变速箱进水后，变速箱油的性能会受到严重的影响，不仅仅是润滑性能受损，变速箱油的传递动力的性能也会下降，进而使离合器片出现打滑，随即油温升高，这也会导致水蒸气的产生甚至使油水混合物出现沸腾，这些粘稠的物质还会堆积到阀体内造成阀体的堵塞，从而影响到变速箱的控制系统。
