为了保证在整个使用寿命期内发动机都能正常工作，必须定期更换燃油滤清器，尽可能隔绝燃油系统中的水分和污物。
以康明斯B系列柴油机装备的双级燃油滤清器为例，它的第一级为带有放水阀的油水分离器。每当首次
起动前，应该旋松下端的放水阀，放水20s，然后旋紧。如果气温低于0℃，每天收车后必须马上放水。放出的液体是燃油与水的混杂物，无论其中含油多少，都必须全部倒掉，这样有利于燃油保持清洁状态，避免燃油系统堵塞。
康明斯B系列柴油机燃油滤清器的更换里程为1.6万km。更换时，拆下旧燃油滤清器连同里面的燃油一起报废，不能将旧燃油滤清器中的燃油倒入新燃油滤清器内，因为残存的燃油中带有很多过滤出来的杂质，倒入新燃油滤清器后，会加剧燃油泵和喷油器的磨损。
在安装燃油滤清器时，需要注意两个问题：
一是组装燃油滤清器时，在滤芯的两端必须安装密封胶垫。如果漏装该处的密封胶圈，燃油滤清器内的燃油流通会“短路”，将丧失滤清效果。更换燃油滤清器总成时，油管两端的夹箍应当同时更换。
二是更换一次性燃油滤清器时，必须注意其安装方向，滤清器壳体上的箭头表示燃油的流动方向。例如凌志LS400汽车装备的1UZ-FE型发动机，其燃油滤清器的“IN”端口应当接燃油箱。如果装反，将导致滤清器内部阻力增大，在燃油长时间冲击力的作用下，会导致纸质滤芯与其铁壳分离，破碎的纸滤芯可能无规律地堵住进油口，使系统油压下降，就像单向阀似的，可能造成发动机无规律起动困难。
对于高压共轨式
燃油喷射系统，在维护燃油滤清器时应当注意以下几点：
（1）更换燃油滤清器之前，应当将新的滤清器准备好，并且放在随手可取的地方，将旧的滤清器拆下来后，立即安装新的滤清器。
（2）从旧滤清器上拆下来的油管，应立即连接到新滤清器相应的接头上，目的是防止污物进入燃油管路中。
（3）如果滤清器上有手动泵，在新滤清器装配好以后，要运用手动泵，使滤清器内充满燃油，并排除空气。
（4）有的高压共轨燃油喷射系统能够自动、连续地排除空气，对于这种机型，绝对不能为了排除空气而打开高压管接头。
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