对于安装独立式空调的汽车，应严格按使用说明书的规定起动和运行空调，这是因为这类空调，通过遥控装置控制辅助发动机的起动和运行，起动方法要比非独立式空调复杂。
独立式空调一般使用时的注意事项与非独立式大体相同，但由于辅助发动机有时有单独的油箱，因而还要经常检查油箱的储油情况，并要检查发动机冷却液温度、油压情况。
独立式空调一般使用时的注意事项
①在换季初次使用汽车空调时，最好对汽车空调系统进行杀菌除臭处理。这是因为汽车空调系统长期“休假”会滋生真菌和霉菌，它不但使空气发出难闻的霉臭味，而且对车厢内人员的健康有害。这项工作可以到修理厂进行，也可以自购杀菌除臭专用喷剂自行处理。
②夏日应避免直接在阳光下停车暴晒，尽可能把车停在树荫下，在长时间停车后车厢内温度很高的情况下，应先开窗及通风；用风扇将车内热空气赶出车厢，再开空调，开空调后车厢门窗应关闭，以降低热负荷。
③不使用空调的季节，应经常开动压缩机，避免压缩机轴封处因油干而泄漏，也避免转轴因油干而咬死。一般一个月应运转一两次，每次10min左右。冬季气温过低时，可将保护开关电线短路，待保养运行完毕，再将电路恢复原样。
④长距离上坡行驶，应暂时关闭空调，以免散热器开锅。超车时，若本车空调无超速自动停转装置，则应关闭空调。
⑤使用汽车空调时，冷气温度不宜调得过低，一方面温度调得过低，会影响身体健康；另一方面易使蒸发器表面结霜，形成风阻，而造成压缩机液击现象。同时若风机开在低速档，则冷气温度开关不宜调得过低。一般车厢内外温差在10℃以内为宜。
⑥在空调运行时，若听到空调装置有异常响声，如压缩机响、风机响、管子爆裂等，应立即关闭空调，并及时请专业维修人员检修。
⑦定期清洗冷凝器和蒸发器，这是因为由于外界空气环境等原因，冷凝器、蒸发器表面易被灰尘等脏物附着，造成汽车空调系统的制冷效果下降。
⑧起动发动机时，空调开关应处于关闭位置，发动机熄火后，也应关闭空调，以免蓄电池电量耗竭。
