1.工艺和成本要求高：任何事情都不可能鱼和熊掌兼得，由于转子发动机技术比较尖端，制作工艺要求比较高，成本比较贵，现在马自达公司对这项技术比较了解和把握，所以，这项技术还没有在汽车中普及。
2.转子发动机的耗油量比较大：这主要是转子发动机燃烧室的形状不太有利于完全燃烧，火焰传播路径较长，使得燃油和机油的消耗增加。而且转子发动机只能用点燃式，不能用压燃式，所以也就是不能采用柴油。
3.功率输出轴位置比较高，令整车布置安排不便。
4.国内没有维修此类发动机的厂家：就算转子发动机耐用寿命相对地长，即使它省去了活塞发动机的一些部件，其实它还是一种经过改良的机械结构，还是到了一定的公路数需要维护的。而因为它很稀奇，维护的费用不会很低的。现在可以主观地讲，使用转子发动机的汽车，还是重技术，不是重产品，甚至可以说还是概念车的范畴，尽管能用，但当成成熟技术使用有一定的难度。
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