1.耗油高，污染重。因为没有往复式发动机的高压缩比，使燃烧不可以够很充分。虽然马自达公司曾经给转子发动机添加了单涡轮增压和双涡轮增压等装置，但仅仅是提高了输出马力，并适度的降低了尾气排放，但还是与往复式发动机有着非常大的差距。
2.磨损严重，零部件寿命短。因为三角转子发动机的相邻容腔间只有一个径向密封片，径向密封片与缸体始终是线接触，而且径向密封片上与缸体接触的位置始终在变化，因而3个燃烧室非完全隔离，径向密封片磨损快。发动机用了一段时间以后容易由于油封材料磨损而引起漏气问題，大幅添加耗油与污染。其独特的机械结构也引起这类发动机较难修理。
3.部分标准欠缺。虽然转子发动机具有以小排气量、借助于高转速而造成高输出的特性，但因为转动特性与往复式发动机的不相同，世界各国在制订与发动机排气量有关的税则时，皆是以转子发动机的实际排气量乘以二来做为与往复式发动机之间的比较基准。举例来说，日本马自达旗下配备了转子发动机的RX-8跑车，我觉得际排气量虽然只有1308立方厘
米，但在日本国内却是以2616立方厘米的排气量来做为税级计算的基准。