同一款车，如果发动机一样的话那么我认为5挡手动和6挡自动的区别主要在这几点：
1、价格不同
手动变速箱陈本更低，总成往发动机上一装，发动机与变速箱之间弄个离合器，一切搞定了，挂挡就能跑。
而自动变速箱本身成本就更高，发动机与变速箱之间要用到更贵的液力变矩器或者多片离合器，或者是干式双离合，这些东西哪个都不便宜。除此之外挡杆也比手动的复杂，毕竟里面有传感器、电子单元、挡杆锁止电磁阀、指示灯等部件。
另外还需要用到变速箱电脑去控制换挡，还要专门针对发动机去匹配变速箱。而且现在的车几乎都有自动启停功能，这一下有些自动变速箱又得多装一个电动油泵。
2、油耗不同
手动挡普遍比自动挡油耗低，因为手动变速箱更加灵活，比如眼看路口是红灯，手动挡司机可能早早松油门了，这时候发动机转速可以很低，低到接近怠速，只要不熄火不抖动就行。而自动挡车就做不到，红绿灯路口松油门后发动机必须维持一定的转速以防熄火，这时候转速一低就降挡，或者自动给油维持转速，油耗总低不下来。更别提有些手动挡老司机动不动就拿出空挡滑行的大杀器了。
而且手动变速箱只要松开离合器那发动机与变速箱之间就是硬连接，动力几乎没有损失。而自动变速箱的液力变矩器或者多片离合器在某些工况下会打滑以换取行驶的平顺性，所以自动变速箱的实际油耗普遍高于手动变速箱。
3、最高车速不同
不知道大家有没有发现这样一个问题，同一款车，相同的发动机，手动挡的极速往往比自动挡要快一点。
我认为这主要反应在变速箱传动效率和各个挡位的减速比上。因为手动变速箱结构简单，内耗小。而自动变速箱结构更复杂，内耗更大。在高速行驶时变速箱内耗会升高，自动变速箱的车要多消耗一部分功率在变速箱上。
另外手动变速箱最高档位的变速比一般都比自动变速箱小，同样以最高档位行驶，手动挡转速可以拉更高，而自动变速箱由于变速比大，发动机转速提不起来，所以极速要低一些。就像骑变速自行车一样，挡位越高蹬一圈车轮转动越多，但是蹬起来很费劲，所以骑行中你腿没力了，蹬不动，所以跑不快。但是挂低一个挡位时虽然相同速度下蹬车的频率更高，但是蹬起来更省劲，所以就可以用更高的蹬车频率换取更高的车速。